L’INJS de Paris abrite une Unité de Formation en Alternance, l’UFA Abbé de l’Epée.      

Depuis juin 2021, pour la formation en apprentissage, l’INJS est rattaché à l’organisme de formation CFAApprentis d’Auteuil. La fondation est reconnue d’utilité publique depuis 1929. Depuis plus de 155 ans, Apprentis d'Auteuil accueille, éduque et forme des milliers de jeunes tous les ans pour que chacun trouve sa place dans la société. Elle regroupe plus de 300 établissements en France et outremer.